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1、存储结构
InnoDB：底层是B+树，主键索引上的叶子结点存入的是一行所有列的数据，所以是索引组织表，数据和索引都放在一个文件。
MyISAM：底层也是B+树，不过叶子结点上存的是实际数据的指针地址，所以是堆表。MyISAM在磁盘上存储成三个文件，.frm文件存储表定义，.MYD 文件存储每行数据。.MYI 文件存储索引。
2、事务支持
MyISAM：强调的是性能，每次查询具有原子性,其执行数度比InnoDB类型更快，但是不提供事务支持。
InnoDB：提供事务支持事务，外部键等高级数据库功能。
3、表锁差异
MyISAM：只支持表级锁，用户在操作myisam表时，select，update，delete，insert语句都会给表自动加锁，如果加锁以后的表满足insert并发的情况下，可以在表的尾部插入新的数据。
InnoDB：支持事务和行级锁，是innodb的最大特色。行锁大幅度提高了多用户并发操作的新能。但是InnoDB的行锁，只是在WHERE的主键是有效的，非主键的WHERE都会锁全表的。
4、全文索引
MyISAM：支持 FULLTEXT类型的全文索引。
InnoDB：5.7之后才支持FULLTEXT类型的全文索引。
5、表主键
MyISAM：允许没有任何索引和主键的表存在，索引都是保存行的地址。
nnoDB：如果没有设定主键或者非空唯一索引，就会自动生成一个6字节的主键(用户不可见)，数据是主索引的一部分，附加索引保存的是主索引的值。
6、表的具体行数
MyISAM：保存有表的总行数，如果select count(*) from table;会直接取出该值。
InnoDB：没有保存表的总行数，如果使用select count(*) from table，就是便利成本最小的索引树查询总行数，一般情况下是基于主键索引树去找，但是如果有搜索成本更小的，比如某个索引列上都是1字节的数据，那么就会走次索引。